熊掌炖鱼-10x单细胞转录组与空间转录组倡议分析

10x Visium三维空间表征可以标注出有各有不同表征的三维空间讯息。目前的Visium微处理事件器上在6.5mm×6.5mm的面积上分布着5000个点，每个Spot常常覆盖多个细胞内（一般为1~10个）。同样的样品处理事件为细胞内悬液开展单细胞内转录一组测序可以给与单细胞内精度水平的表征讯息，代价是却没有办法给与细胞内的三维空间讯息。这就看得鱼和熊掌，让人难以取舍。

10x Genomics贴心的为研究者提供者了一些量化应用软件，可以将单细胞内和三维空间的两种资料开展联合量化。

请注意是10xFacebook整理出有用做联合量化的应用软件和分析方法

Spacexr/Robust cell-type decomposition (RCTD)

反为滤波分析方法，使用基于参考的概率模型从分离了各有不同细胞内多种类型的单个Spot解析各有不同的细胞内多种类型，通过最小似然至少推测细胞内多种类型数目，并将其投影到细胞内多种类型的三维空间图片上。

发表文章典籍: Cable, Dylan M., et al. Robust decomposition of cell type mixtures in spatial transcriptomics. Nature Biotechnology (2021) 应用软件: spacexr 入门: Applying CSIDE to Spatial Transcriptomics Data: Multiple regions in Visium with full mode RCTD Seurat label transfer

可用做将各有不同资料集“锚定”在一齐的映射分析方法，仅限于各有不同多种类型的单细胞内资料（转录一组、表观序列和蛋白质一组）以及单细胞内和三维空间资料。

发表文章典籍: Stuart, Tim, et al. Comprehensive Integration of Single-Cell Data. Cell (2019) 应用软件: Seurat 入门: Analysis, visualization, and integration of spatial datasets with Seurat Cell2location

反为滤波分析方法，可以“相结合有关一其组织的先验讯息来至少绝对细胞内多种类型数量级”，作为命题演算先验。

发表文章典籍: Kleshchevnikov, Vitalii, et al. Cell2location maps fine-grained cell types in spatial transcriptomics. Nat Biotechnol (2022) 应用软件: Cell2location 入门: Mapping human lymph node cell types to 10X Visium Tangram

借助于SIMD嵌入式（GPU）较快运行的映射分析方法。

发表文章典籍: Biancalani, Tommaso, et al. Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram. Nat Methods (2021) 应用软件: squidpy 入门: Cell-type deconvolution using Tangram SPOTlight

使用种子非负行列式分解（NMF）回归的反为滤波分析方法。

发表文章典籍: Elosua-Bayes, Marc, et al. SPOTlight: seeded NMF regression to deconvolute spatial transcriptomics spots with single-cell transcriptomes. Nucleic Acids Research (2021) 应用软件: SPOTlight 入门: SPOTlight vignette 来得多资讯请关注“仁科生物”公众号 苏州仁科高科技有限公司，是一家专业物理及医学各个领域测量仪器试剂代理销售和制造原材料的公司，代理众多国外知名品牌。提供者医护，生命物理，轻工业等各个领域的专业量化产品；为高校、医护、科研机构以及制药企业提供者物理的实验解决办法和技术公共服务。

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